O vídeo de Underneath Your Clothes foi dirigido pelo fotógrafo americano Herb Ritts.
Com um cenário preto e branco inicia o clipe, onde um jornalista pergunta à Shakira como se sente sobre começar no mercado americano e ela responde ironicamente em espanhol.
Shakira afirmou na época que o “crossover” foi o seu pão de cada dia e que ela desejava muito incluir isso em seu vídeo, que mostra a sua solidão como uma artista da música quando sai em turnê. Depois, mostram cenas da cantora ao vivo com sua banda e abraçando apaixonadamente seu namorado, interpretado por Antonio de la Rúa, o então namorado de Shakira.
Underneath Your Clothes foi o segundo vídeo de Shakira a sair no MTV TRL.
